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ISO9001与HACCP体系是目前食品企业质量管理的两大重要管理体系。ISO9001质量管理体系是各类组织按照ISO9001族标准建立的质量管理和质量保证体系。HACCP体系是以HACCP的七个原则为基础建立的食品安全体系。两者都是以对质量进行管理为目的，但侧重点不同。
ISO9001－2000采用过程方法，以全面质量管理为主，只为组织的质量管理活动搭建框架。HACCP体系以预防控制，过程监测与纠偏为主，重点控制对人体产生危害的因素，而非所有影响产品质量的因素。如：食品中有可能沾有头发，这个因素头发不会对人体产生任何危害，只是使人恶心或厌恶，它就不属于HACCP体系中的关键控制点所控制因素，而属于ISO9001体系产品质量特性中不允许有肉眼可见杂质控制对象。
ISO9001－2000质量管理体系是针对全面质量因素的体系，范畴广，内容包含HACCP体系中所要求的危害因素。
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